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[Windows 10 FAQ 一覧] - ["ファイルが見つからないか、読み取りのアクセス許可がありません。" で zip ファイルの圧縮に失敗する]
Windows 10 標準のzip暗号化でフォルダ以下を暗号化しようとしたところ
ファイルが見つからないか、読み取りのアクセス許可がありません。
(英語メッセージ：File not found or no read permission)
一見はファイルのアクセス権利あるいは属性の問題のように見えるためファイルのアクセス権利を確認しましたが、問題ありませんでした。
切り分けとして、圧縮対象のフォルダ内のファイルごとに圧縮したら無事成功しました。
今回の原因は、フォルダのパスが長すぎるためエラーが発生しました。圧縮対象をフォルダの上位に移動して実行したところ無事成功しました。
（あるいはサブフォルダごとに分割しても圧縮可能です。）
フォルダを移動したくない場合は、高機能のフリーのソフトを使用すれば解決します。ただしフリーソフト禁止の環境の場合はやはり一度フォルダを移動してから実施すると良いでしょう。
（その他フォルダやファイルに不正な文字が入っている場合もこの現象が発生する場合があるようです。）